یکی از پارامترهای سنجش خلوص DNA پس از استخراج خوانش نسبت A260/A280 می باشد. نمونه DNA با نسبت ۲-۱/۸ به عنوان DNA خالص در نظر گرفته می شود. پایین بودن این نسبت می تواند به دلیل وجود پروتئین های هضم نشده در نمونه DNA باشد. عمده دلایل محتمل ایجاد این چالش در میان کاربران، استفاده از اتانول نامرغوب با درصد خلوص پایین، حذف مرحله خشک کردن، عدم رعایت نسبت حجم نمونه با بافر لایز و اتانول و یا کاهش عملکرد آنزیم پروتئیناز K به دلیل عدم رعایت شرایط صحیح نگهداری آنزیم می باشد.

بالا بودن نسبت ۲۶۰/۲۸۰ نشان دهنده جذب بالا در طول موج ۲۶۰ نانومتر می باشدکه می تواند به دلیل استفاده از DNA Carrier در روند استخراج باشد. از دیگر دلایل ایجاد این چالش، آلودگی بازوی نانودراپ است. 

خوانش نسبت A260/A230 جهت تعیین خلوص کلی نمونه DNA بکار می رود. نمونه ها با  نسبت ۲/۵-۱/۸ به عنوان نمونه DNA خالص در نظر گرفته می شوند. دلیل کاهش قبل توجه این نسبت، آلودگی نمکی است که جذب نوری در طول موج ۲۳۰ نانومتر را افزایش می دهد. به منظور جلوگیری از آلودگی نمکی، از بافرهای شستشو به ترتیب ذکر شده در پروتکل استفاده نمایید، نسبت حجم نمونه با بافر لایز و اتانول را رعایت کنید، شستشو به وسیله WB2 را مطابق پروتکل برای بار دوم تکرار کنید، از برخورد نوک سرسمپلر با بدنه ستون در طول فرآیند استخراج خودداری نمایید; همچنین از انتقال حباب های تشکیل شده در مرحله لایز به ستون جلوگیری کنید.

بالا بودن نسبت ۲۶۰/۲۳۰ نشان دهنده جذب بالا در طول موج ۲۶۰ نانومتر می باشدکه می تواند به دلیل استفاده از DNA Carrier در روند استخراج باشد. از دیگر دلایل ایجاد این چالش، آلودگی بازوی نانودراپ است.

بازده پایین DNA به دلایلی از جمله:

1. کیفیت پایین نمونه بکار گرفته شده می باشد. از نمونه هایی که چندین بار منجد و ذوب شده اند استفاده نکنید و در صورت امکان نمونه گیری را مجدداً تکرار کرده و از نمونه تازه استفاده کنید.
2. لایز نامناسب نمونه که عمدتاً به دلیل عدم رعایت زمان و دمای انکوباسیون در مرحله لایز است.
3. از بین رفتن کارایی آنزیم پروتئیناز K که به دلیل عدم نگهداری آنزیم در دمای توصیه شده بعد از آماده سازی آنزیم می باشد.
4. عدم استفاده از الکل توصیه شده در پروتکل، موجب کاهش بازده فرآیند می شود.

این کیت قادر به استخراج RNA ویروسی نیز می باشد، اما جهت استخراج RNA ویروسی از نمونه ادرار، از کیت BehPrep Viral RNA استفاده کنید.

این کیت برای استخراج DNA از مایع آمنیوتیک توصیه نمی شود.

کیت استخراج BehPrep G-Plus DNA جهت استخراج DNA از نمونه CVS مناسب می باشد. در صورتی که نمونه به خون مادر آلوده باشد، قبل از شروع فرآیند استخراج، نمونه را چندین بار با بافر (۱X) PBS شستشو دهید.

1. دستگاه نانودراپ با استفاده از الوشن کیت دیگر بلانک شده است.
2. حذف اتانول به درستی صورت نگرفته است. مرحله خشک کردن را مطابق پروتکل انجام داده و سپس جهت اطمینان از حذف کامل اتانول، درب ستون را به مدت ۵ دقیقه در دمای اتاق باز بگذارید.